Máy cắt cá sấu sử dụng hệ thống truyền động thủy lực; cơ chế cốt lõi của nó bao gồm một máy bơm thủy lực tạo ra áp suất để kích hoạt xi lanh thủy lực, từ đó tạo ra lực cắt dựa trên đòn bẩy. Trong quá trình vận hành, trước tiên một thiết bị giữ sẽ cố định vật liệu kim loại vào đúng vị trí; sau đó, xi lanh áp suất chính dẫn động lưỡi chuyển động (lưỡi trên) về phía lưỡi cố định (lưỡi dưới), cắt đứt kim loại dưới lực cắt cực lớn. Chiếc máy này được đặt tên vì hoạt động cấu trúc của nó giống với việc đóng mở hàm của cá sấu.
Kéo cắt cá sấu cung cấp ba chế độ hoạt động: nhích, bán tự động và hoàn toàn tự động. Ở chế độ nhích, nút cắt phải được giữ liên tục để máy hoạt động. Ở chế độ bán tự động, chỉ cần nhấn nút sẽ kích hoạt một chu trình cắt hoàn chỉnh. Ở chế độ hoàn toàn tự động, máy hoạt động liên tục không cần nhấn nút, tự động tuần hoàn theo trình tự kẹp (thiết bị giữ lưỡi hạ xuống), cắt (lưỡi hạ xuống), nhả (thiết bị giữ và rút lưỡi dao) và kẹp lại.
So với máy cắt dẫn động cơ học, hệ thống thủy lực có những ưu điểm như kích thước nhỏ gọn, trọng lượng nhẹ, quán tính thấp, độ ồn thấp, vận hành êm ái, dễ sử dụng và thực hiện bảo vệ quá tải đơn giản. Các mô hình tiên tiến kết hợp các mạch tác động nhanh (ví dụ: sử dụng các ống góp van tốc độ cao) để tăng tốc độ cắt - nâng tốc độ cắt từ 8 lên 12 lần cắt mỗi phút mà không cần tăng công suất động cơ hoặc chuyển vị bơm - nhờ đó nâng cao năng suất. Các hệ thống thủy lực thường sử dụng van hộp mực, mang lại những lợi ích như cấu trúc đơn giản, khả năng chống ô nhiễm và thời gian phản hồi nhanh.
Người vận hành phải hoàn toàn tập trung và tránh xa các bộ phận chuyển động của thiết bị và khu vực cắt để tránh bị thương do vật liệu bị giật lại hoặc bị gãy. Nên chọn chế độ vận hành thích hợp dựa trên hình dạng và độ ổn định của vật liệu, đồng thời phải tránh các hành động nguy hiểm - chẳng hạn như lấy vật phẩm hoặc thực hiện điều chỉnh - trong phạm vi hoạt động của máy.